TY - JOUR AU - Hochstrasser, D. F. AU - Sanchez, J. C. AU - Appel, R. D. PY - 2002 DA - 2002// TI - Proteomics and its trends facing nature's complexity JO - Proteomics VL - 2 ID - Hochstrasser2002 ER - TY - JOUR AU - Aebersold, R. AU - Mann, M. PY - 2003 DA - 2003// TI - Mass spectrometry-based proteomics JO - Nature VL - 422 ID - Aebersold2003 ER - TY - JOUR AU - Guerrera, I. C. AU - Kleiner, O. PY - 2005 DA - 2005// TI - Application of mass spectrometry in proteomics JO - Biosci Rep VL - 25 ID - Guerrera2005 ER - TY - JOUR AU - Yates, J. R. AU - Ruse, C. I. AU - Nakorchevsky, A. PY - 2009 DA - 2009// TI - Proteomics by mass spectrometry: approaches, advances, and applications JO - Annu Rev Biomed Eng VL - 11 ID - Yates2009 ER - TY - JOUR AU - Cravatt, B. F. AU - Simon, G. M. AU - Yates, J. R. PY - 2007 DA - 2007// TI - The biological impact of mass-spectrometry-based proteomics JO - Nature VL - 450 ID - Cravatt2007 ER - TY - JOUR AU - Zhu, H. AU - Bilgin, M. AU - Snyder, M. PY - 2003 DA - 2003// TI - Proteomics JO - Annu Rev Biochem VL - 72 ID - Zhu2003 ER - TY - JOUR AU - Gstaiger, M. AU - Aebersold, R. PY - 2009 DA - 2009// TI - Applying mass spectrometry-based proteomics to genetics, genomics and network biology JO - Nat Rev Genet VL - 10 ID - Gstaiger2009 ER - TY - JOUR AU - Walther, T. C. AU - Mann, M. PY - 2010 DA - 2010// TI - Mass spectrometry-based proteomics in cell biology JO - J Cell Biol VL - 190 ID - Walther2010 ER - TY - JOUR AU - Chakravarti, B. AU - Mallik, B. AU - Chakravarti, D. N. PY - 2010 DA - 2010// TI - Proteomics and systems biology: application in drug discovery and development JO - Methods Mol Biol VL - 662 ID - Chakravarti2010 ER - TY - JOUR AU - Isfort, R. J. PY - 2002 DA - 2002// TI - Proteomic analysis of striated muscle JO - J Chromatogr B Analyt Technol Biomed Life Sci VL - 771 ID - Isfort2002 ER - TY - JOUR AU - Hittel, D. S. AU - Hathout, Y. AU - Hoffman, E. P. PY - 2007 DA - 2007// TI - Proteomics and systems biology in exercise and sport sciences research JO - Exerc Sport Sci Rev VL - 35 ID - Hittel2007 ER - TY - JOUR AU - Doran, P. AU - Donoghue, P. AU - O'Connell, K. AU - Gannon, J. AU - Ohlendieck, K. PY - 2007 DA - 2007// TI - Proteomic profiling of pathological and aged skeletal muscle fibres by peptide mass fingerprinting JO - Int J Mol Med VL - 19 ID - Doran2007 ER - TY - JOUR AU - Ohlendieck, K. PY - 2010 DA - 2010// TI - Proteomics of skeletal muscle differentiation, neuromuscular disorders and fiber aging JO - Expert Rev Proteomics VL - 7 ID - Ohlendieck2010 ER - TY - JOUR AU - Doran, P. AU - Donoghue, P. AU - O'Connell, K. AU - Gannon, J. AU - Ohlendieck, K. PY - 2009 DA - 2009// TI - Proteomics of skeletal muscle aging JO - Proteomics VL - 9 ID - Doran2009 ER - TY - JOUR AU - Lewis, C. AU - Carberry, S. AU - Ohlendieck, K. PY - 2009 DA - 2009// TI - Proteomic profiling of x-linked muscular dystrophy JO - J Muscle Res Cell Motil VL - 30 ID - Lewis2009 ER - TY - CHAP AU - Ali-Khan, N. AU - Zuo, X. AU - Speicher, D. W. PY - 2003 DA - 2003// TI - Overview of proteome analysis BT - Curr Protoc Protein Sci ID - Ali-Khan2003 ER - TY - JOUR AU - Baggerman, G. AU - Vierstraete, E. AU - De Loof, A. AU - Schoofs, L. PY - 2005 DA - 2005// TI - Gel-based versus gel-free proteomics: a review JO - Comb Chem High Throughput Screen VL - 8 ID - Baggerman2005 ER - TY - JOUR AU - Falk, R. AU - Ramström, M. AU - Stahl, S. AU - Hober, S. PY - 2007 DA - 2007// TI - Approaches for systematic proteome exploration JO - Biomol Eng VL - 24 ID - Falk2007 ER - TY - JOUR AU - Rabilloud, T. AU - Chevallet, M. AU - Luche, S. AU - Lelong, C. PY - 2010 DA - 2010// TI - Two-dimensional gel electrophoresis in proteomics: past, present and future JO - J Proteomics VL - 73 ID - Rabilloud2010 ER - TY - JOUR AU - Canas, B. AU - Lopez-Ferrer, D. AU - Ramos-Fernandez, A. AU - Camafeita, E. AU - Calvo, E. PY - 2006 DA - 2006// TI - Mass spectrometry technologies for proteomics JO - Brief Funct Genomic Proteomic VL - 4 ID - Canas2006 ER - TY - JOUR AU - Han, X. AU - Aslanian, A. AU - Yates, J. R. PY - 2008 DA - 2008// TI - Mass spectrometry for proteomics JO - Curr Opin Chem Biol VL - 12 ID - Han2008 ER - TY - JOUR AU - Domon, B. AU - Aebersold, R. PY - 2006 DA - 2006// TI - Mass spectrometry and protein analysis JO - Science VL - 312 ID - Domon2006 ER - TY - JOUR AU - Mueller, L. N. AU - Brusniak, M. Y. AU - Mani, D. R. AU - Aebersold, R. PY - 2008 DA - 2008// TI - An assessment of software solutions for the analysis of mass spectrometry based quantitative proteomics data JO - J Proteome Res VL - 7 ID - Mueller2008 ER - TY - JOUR AU - Kumar, C. AU - Mann, M. PY - 2009 DA - 2009// TI - Bioinformatics analysis of mass spectrometry-based proteomics data sets JO - FEBS Lett VL - 583 ID - Kumar2009 ER - TY - JOUR AU - Jacob, R. J. PY - 2010 DA - 2010// TI - Bioinformatics for LC-MS/MS-based proteomics JO - Methods Mol Biol VL - 658 ID - Jacob2010 ER - TY - JOUR AU - Gordon, A. M. AU - Homsher, E. AU - Regnier, M. PY - 2000 DA - 2000// TI - Regulation of contraction in striated muscle JO - Physiol Rev VL - 80 ID - Gordon2000 ER - TY - JOUR AU - Abdul-Ghani, M. A. AU - DeFronzo, R. A. PY - 2010 DA - 2010// TI - Pathogenesis of insulin resistance in skeletal muscle JO - J Biomed Biotechnol VL - 2010 ID - Abdul-Ghani2010 ER - TY - JOUR AU - Ottenheijm, C. A. AU - Granzier, H. PY - 2010 DA - 2010// TI - New insights into the structural roles of nebulin in skeletal muscle JO - J Biomed Biotechnol VL - 2010 ID - Ottenheijm2010 ER - TY - JOUR AU - Ottenheijm, C. A. AU - Granzier, H. PY - 2010 DA - 2010// TI - Role of titin in skeletal muscle function and disease JO - Adv Exp Med Biol VL - 682 ID - Ottenheijm2010 ER - TY - JOUR AU - Fagerlund, M. J. AU - Eriksson, L. I. PY - 2009 DA - 2009// TI - Current concepts in neuromuscular transmission JO - Br J Anaesth VL - 103 ID - Fagerlund2009 ER - TY - JOUR AU - Aldunate, R. AU - Casar, J. C. AU - Brandan, E. AU - Inestrosa, N. C. PY - 2004 DA - 2004// TI - Structural and functional organization of synaptic acetylcholinesterase JO - Brain Res Brain Res Rev VL - 47 ID - Aldunate2004 ER - TY - JOUR AU - Arikkath, J. AU - Campbell, K. P. PY - 2003 DA - 2003// TI - Auxiliary subunits: essential components of the voltage-gated calcium channel complex JO - Curr Opin Neurobiol VL - 13 ID - Arikkath2003 ER - TY - JOUR AU - Franzini-Armstrong, C. PY - 2009 DA - 2009// TI - Architecture and regulation of the Ca2+ delivery system in muscle cells JO - Appl Physiol Nutr Metab VL - 34 ID - Franzini-Armstrong2009 ER - TY - JOUR AU - Michele, D. E. AU - Campbell, K. P. PY - 2003 DA - 2003// TI - Dystrophin-glycoprotein complex: post-translational processing and dystroglycan function JO - J Biol Chem VL - 278 ID - Michele2003 ER - TY - JOUR AU - Hood, D. A. PY - 2009 DA - 2009// TI - Mechanisms of exercise-induced mitochondrial biogenesis in skeletal muscle JO - Appl Physiol Nutr Metab VL - 34 ID - Hood2009 ER - TY - JOUR AU - Huxley, H. E. PY - 2004 DA - 2004// TI - Fifty years of muscle and the sliding filament hypothesis JO - Eur J Biochem VL - 271 ID - Huxley2004 ER - TY - JOUR AU - Southan, C. PY - 2004 DA - 2004// TI - Has the yo-yo stopped? an assessment of human protein-coding gene number JO - Proteomics VL - 4 ID - Southan2004 ER - TY - JOUR AU - Brini, M. AU - Carafoli, E. PY - 2009 DA - 2009// TI - Calcium pumps in health and disease JO - Physiol Rev VL - 89 ID - Brini2009 ER - TY - JOUR AU - Periasamy, M. AU - Kalyanasundaram, A. PY - 2007 DA - 2007// TI - SERCA pump isoforms: their role in calcium transport and disease JO - Muscle Nerve VL - 35 ID - Periasamy2007 ER - TY - JOUR AU - Punkt, K. PY - 2002 DA - 2002// TI - Fibre types in skeletal muscles JO - Adv Anat Embryol Cell Biol VL - 162 ID - Punkt2002 ER - TY - JOUR AU - Spangenburg, E. E. AU - Booth, F. W. PY - 2003 DA - 2003// TI - Molecular regulation of individual skeletal muscle fibre types JO - Acta Physiol Scand VL - 178 ID - Spangenburg2003 ER - TY - JOUR AU - Pette, D. AU - Staron, R. S. PY - 1990 DA - 1990// TI - Cellular and molecular diversities of mammalian skeletal muscle fibers JO - Rev Physiol Biochem Pharmacol VL - 116 ID - Pette1990 ER - TY - JOUR AU - Pette, D. AU - Peuker, H. AU - Staron, R. S. PY - 1999 DA - 1999// TI - The impact of biochemical methods for single muscle fibre analysis JO - Acta Physiol Scand VL - 166 ID - Pette1999 ER - TY - JOUR AU - Gorg, A. AU - Weiss, W. AU - Dunn, M. J. PY - 2004 DA - 2004// TI - Current two-dimensional electrophoresis technology for proteomics JO - Proteomics VL - 4 ID - Gorg2004 ER - TY - JOUR AU - Wittmann-Liebold, B. AU - Graack, H. R. AU - Pohl, T. PY - 2006 DA - 2006// TI - Two-dimensional gel electrophoresis as tool for proteomics studies in combination with protein identification by mass spectrometry JO - Proteomics VL - 6 ID - Wittmann-Liebold2006 ER - TY - JOUR AU - Weiss, W. AU - Gorg, A. PY - 2009 DA - 2009// TI - High-resolution two-dimensional electrophoresis JO - Methods Mol Biol VL - 564 ID - Weiss2009 ER - TY - JOUR AU - Capitanio, D. AU - Vigano, A. AU - Ricci, E. AU - Cerretelli, P. AU - Wait, R. AU - Gelfi, C. PY - 2005 DA - 2005// TI - Comparison of protein expression in human deltoideus and vastus lateralis muscles using two-dimensional gel electrophoresis JO - Proteomics VL - 5 ID - Capitanio2005 ER - TY - JOUR AU - Hojlund, K. AU - Yi, Z. AU - Hwang, H. AU - Bowen, B. AU - Lefort, N. AU - Flynn, C. R. AU - Langlais, P. AU - Weintraub, S. T. AU - Mandarino, L. J. PY - 2008 DA - 2008// TI - Characterization of the human skeletal muscle proteome by one-dimensional gel electrophoresis and HPLC-ESI-MS/MS JO - Mol Cell Proteomics VL - 7 ID - Hojlund2008 ER - TY - JOUR AU - Raddatz, K. AU - Albrecht, D. AU - Hochgraefe, F. AU - Hecker, M. AU - Gotthardt, M. PY - 2008 DA - 2008// TI - A proteome map of murine heart and skeletal muscle JO - Proteomics VL - 8 ID - Raddatz2008 ER - TY - JOUR AU - Parker, K. C. AU - Walsh, R. J. AU - Salajegheh, M. AU - Amato, A. A. AU - Krastins, B. AU - Sarracino, D. A. AU - Greenberg, S. A. PY - 2009 DA - 2009// TI - Characterization of human skeletal muscle biopsy samples using shotgun proteomics JO - J Proteome Res VL - 8 ID - Parker2009 ER - TY - JOUR AU - Kislinger, T. AU - Gramolini, A. O. AU - Pan, Y. AU - Rahman, K. AU - MacLennan, D. H. AU - Emili, A. PY - 2005 DA - 2005// TI - Proteome dynamics during C2C12 myoblast differentiation JO - Mol Cell Proteomics VL - 24 ID - Kislinger2005 ER - TY - JOUR AU - Gonnet, F. AU - Bouazza, B. AU - Millot, G. A. AU - Ziaei, S. AU - Garcia, L. AU - Butler-Browne, G. S. AU - Mouly, V. AU - Tortajada, J. AU - Danos, O. AU - Svinartchouk, F. PY - 2008 DA - 2008// TI - Proteome analysis of differentiating human myoblasts by dialysis-assisted two-dimensional gel electrophoresis (DAGE) JO - Proteomics VL - 8 ID - Gonnet2008 ER - TY - JOUR AU - Cui, Z. AU - Chen, X. AU - Lu, B. AU - Park, S. K. AU - Xu, T. AU - Xie, Z. AU - Xue, P. AU - Hou, J. AU - Hang, H. AU - Yates, J. R. AU - Yang, F. PY - 2009 DA - 2009// TI - Preliminary quantitative profile of differential protein expression between rat L6 myoblasts and myotubes by stable isotope labeling with amino acids in cell culture JO - Proteomics VL - 9 ID - Cui2009 ER - TY - JOUR AU - Sun, H. AU - Zhu, T. AU - Ding, F. AU - Hu, N. AU - Gu, X. PY - 2009 DA - 2009// TI - Proteomic studies of rat tibialis anterior muscle during postnatal growth and development JO - Mol Cell Biochem VL - 332 ID - Sun2009 ER - TY - JOUR AU - Gelfi, C. AU - Vigano, A. AU - Ripamonti, M. AU - Pontoglio, A. AU - Begum, S. AU - Pellegrino, M. A. AU - Grassi, B. AU - Bottinelli, R. AU - Wait, R. AU - Cerretelli, P. PY - 2006 DA - 2006// TI - The human muscle proteome in aging JO - J Proteome Res VL - 5 ID - Gelfi2006 ER - TY - JOUR AU - Doran, P. AU - O'Connell, K. AU - Gannon, J. AU - Kavanagh, M. AU - Ohlendieck, K. PY - 2008 DA - 2008// TI - Opposite pathobiochemical fate of pyruvate kinase and adenylate kinase in aged rat skeletal muscle as revealed by proteomic DIGE analysis JO - Proteomics VL - 8 ID - Doran2008 ER - TY - JOUR AU - Moriggi, M. AU - Cassano, P. AU - Vasso, M. AU - Capitanio, D. AU - Fania, C. AU - Musicco, C. AU - Pesce, V. AU - Gadaleta, M. N. AU - Gelfi, C. A. PY - 2008 DA - 2008// TI - DIGE approach for the assessment of rat soleus muscle changes during unloading: effect of acetyl-L-carnitine supplementation JO - Proteomics VL - 8 ID - Moriggi2008 ER - TY - JOUR AU - Ferreira, R. AU - Vitorino, R. AU - Neuparth, M. J. AU - Appell, H. J. AU - Duarte, J. A. AU - Amado, F. PY - 2009 DA - 2009// TI - Proteolysis activation and proteome alterations in murine skeletal muscle submitted to 1 week of hindlimb suspension JO - Eur J Appl Physiol VL - 107 ID - Ferreira2009 ER - TY - JOUR AU - Moriggi, M. AU - Vasso, M. AU - Fania, C. AU - Capitanio, D. AU - Bonifacio, G. AU - Salanova, M. AU - Blottner, D. AU - Rittweger, J. AU - Felsenberg, D. AU - Cerretelli, P. AU - Gelfi, C. PY - 2010 DA - 2010// TI - Long term bed rest with and without vibration exercise countermeasures: effects on human muscle protein dysregulation JO - Proteomics VL - 10 ID - Moriggi2010 ER - TY - JOUR AU - Burniston, J. G. PY - 2008 DA - 2008// TI - Changes in the rat skeletal muscle proteome induced by moderate-intensity endurance exercise JO - Biochim Biophys Acta VL - 1784 ID - Burniston2008 ER - TY - JOUR AU - Holloway, K. V. AU - O'Gorman, M. AU - Woods, P. AU - Morton, J. P. AU - Evans, L. AU - Cable, N. T. AU - Goldspink, D. F. AU - Burniston, J. G. PY - 2009 DA - 2009// TI - Proteomic investigation of changes in human vastus lateralis muscle in response to interval-exercise training JO - Proteomics VL - 9 ID - Holloway2009 ER - TY - JOUR AU - Donoghue, P. AU - Doran, P. AU - Dowling, P. AU - Ohlendieck, K. PY - 2005 DA - 2005// TI - Differential expression of the fast skeletal muscle proteome following chronic low-frequency stimulation JO - Biochim Biophys Acta VL - 1752 ID - Donoghue2005 ER - TY - JOUR AU - Donoghue, P. AU - Doran, P. AU - Wynne, K. AU - Pedersen, K. AU - Dunn, M. J. AU - Ohlendieck, K. PY - 2007 DA - 2007// TI - Proteomic profiling of chronic low-frequency stimulated fast muscle JO - Proteomics VL - 7 ID - Donoghue2007 ER - TY - JOUR AU - Doran, P. AU - Martin, G. AU - Dowling, P. AU - Jockusch, H. AU - Ohlendieck, K. PY - 2006 DA - 2006// TI - Proteome analysis of the dystrophin-deficient MDX diaphragm reveals a drastic increase in the heat shock protein cvHSP JO - Proteomics VL - 6 ID - Doran2006 ER - TY - JOUR AU - Doran, P. AU - Wilton, S. D. AU - Fletcher, S. AU - Ohlendieck, K. PY - 2009 DA - 2009// TI - Proteomic profiling of antisense-induced exon skipping reveals reversal of pathobiochemical abnormalities in dystrophic mdx diaphragm JO - Proteomics VL - 9 ID - Doran2009 ER - TY - JOUR AU - Lewis, C. AU - Ohlendieck, K. PY - 2010 DA - 2010// TI - Proteomic profiling of naturally protected extraocular muscles from the dystrophin-deficient mdx mouse JO - Biochem Biophys Res Commun VL - 396 ID - Lewis2010 ER - TY - JOUR AU - De Palma, S. AU - Morandi, L. AU - Mariani, E. AU - Begum, S. AU - Cerretelli, P. AU - Wait, R. AU - Gelfi, C. PY - 2006 DA - 2006// TI - Proteomic investigation of the molecular pathophysiology of dysferlinopathy JO - Proteomics VL - 6 ID - De Palma2006 ER - TY - JOUR AU - Sun, H. AU - Liu, J. AU - Ding, F. AU - Wang, X. AU - Liu, M. AU - Gu, X. PY - 2006 DA - 2006// TI - Investigation of differentially expressed proteins in rat gastrocnemius muscle during denervation-reinnervation JO - J Muscle Res Cell Motil VL - 27 ID - Sun2006 ER - TY - JOUR AU - Hittel, D. S. AU - Hathout, Y. AU - Hoffman, E. P. AU - Houmard, J. A. PY - 2005 DA - 2005// TI - Proteome analysis of skeletal muscle from obese and morbidly obese women JO - Diabetes VL - 54 ID - Hittel2005 ER - TY - JOUR AU - Mullen, E. AU - Ohlendieck, K. PY - 2010 DA - 2010// TI - Proteomic profiling of non-obese type 2 diabetic skeletal muscle JO - Int J Mol Med VL - 25 ID - Mullen2010 ER - TY - JOUR AU - Duan, X. AU - Berthiaume, F. AU - Yarmush, D. AU - Yarmush, M. L. PY - 2006 DA - 2006// TI - Proteomic analysis of altered protein expression in skeletal muscle of rats in a hypermetabolic state induced by burn sepsis JO - Biochem J VL - 397 ID - Duan2006 ER - TY - JOUR AU - Thongboonkerd, V. AU - Kanlaya, R. AU - Sinchaikul, S. AU - Parichatikanond, P. AU - Chen, S. T. AU - Malasit, P. PY - 2006 DA - 2006// TI - Proteomic identification of altered proteins in skeletal muscle during chronic potassium depletion: Implications for hypokalemic myopathy JO - J Proteome Res VL - 5 ID - Thongboonkerd2006 ER - TY - JOUR AU - Li, J. AU - Yin, C. AU - Okamoto, H. AU - Jaffe, H. AU - Oldfield, E. H. AU - Zhuang, Z. AU - Vortmeyer, A. O. AU - Rushing, E. J. PY - 2006 DA - 2006// TI - Proteomic analysis of inclusion body myositis JO - J Neuropathol Exp Neurol VL - 65 ID - Li2006 ER - TY - JOUR AU - Schessl, J. AU - Zou, Y. AU - McGrath, M. J. AU - Cowling, B. S. AU - Maiti, B. AU - Chin, S. S. AU - Sewry, C. AU - Battini, R. AU - Hu, Y. AU - Cottle, D. L. AU - Rosenblatt, M. AU - Spruce, L. AU - Ganguly, A. AU - Kirschner, J. AU - Judkins, A. R. AU - Golden, J. A. AU - Goebel, H. H. AU - Muntoni, F. AU - Flanigan, K. M. AU - Mitchell, C. A. AU - Bonnemann, C. G. PY - 2008 DA - 2008// TI - Proteomic identification of FHL1 as the protein mutated in human reducing body myopathy JO - J Clin Invest VL - 118 ID - Schessl2008 ER - TY - JOUR AU - Doherty, M. K. AU - McLean, L. AU - Beynon, R. J. PY - 2007 DA - 2007// TI - Avian proteomics: advances, challenges and new technologies JO - Cytogenet Genome Res VL - 117 ID - Doherty2007 ER - TY - JOUR AU - D'Ambrosio, C. AU - Arena, S. AU - Talamo, F. AU - Ledda, L. AU - Renzone, G. AU - Ferrara, L. AU - Scaloni, A. PY - 2005 DA - 2005// TI - Comparative proteomic analysis of mammalian animal tissues and body fluids: bovine proteome database JO - J Chromatogr B Analyt Technol Biomed Life Sci VL - 815 ID - D'Ambrosio2005 ER - TY - JOUR AU - Picard, B. AU - Berri, C. AU - Lefaucheur, L. AU - Molette, C. AU - Sayd, T. AU - Terlouw, C. PY - 2010 DA - 2010// TI - Skeletal muscle proteomics in livestock production JO - Brief Funct Genomics VL - 9 ID - Picard2010 ER - TY - JOUR AU - Doherty, M. K. AU - McLean, L. AU - Hayter, J. R. AU - Pratt, J. M. AU - Robertson, D. H. AU - El-Shafei, A. AU - Gaskell, S. J. AU - Beynon, R. J. PY - 2004 DA - 2004// TI - The proteome of chicken skeletal muscle: changes in soluble protein expression during growth in a layer strain JO - Proteomics VL - 4 ID - Doherty2004 ER - TY - JOUR AU - Teltathum, T. AU - Mekchay, S. PY - 2009 DA - 2009// TI - Proteome changes in Thai indigenous chicken muscle during growth period JO - Int J Biol Sci VL - 5 ID - Teltathum2009 ER - TY - JOUR AU - Hamelin, M. AU - Sayd, T. AU - Chambon, C. AU - Bouix, J. AU - Bibé, B. AU - Milenkovic, D. AU - Leveziel, H. AU - Georges, M. AU - Clop, A. AU - Marinova, P. AU - Laville, E. PY - 2006 DA - 2006// TI - Proteomic analysis of ovine muscle hypertrophy JO - J Anim Sci VL - 84 ID - Hamelin2006 ER - TY - JOUR AU - Lametsch, R. AU - Kristensen, L. AU - Larsen, M. R. AU - Therkildsen, M. AU - Oksbjerg, N. AU - Ertbjerg, P. PY - 2006 DA - 2006// TI - Changes in the muscle proteome after compensatory growth in pigs JO - J Anim Sci VL - 84 ID - Lametsch2006 ER - TY - JOUR AU - Hakimov, H. A. AU - Walters, S. AU - Wright, T. C. AU - Meidinger, R. G. AU - Verschoor, C. P. AU - Gadish, M. AU - Chiu, D. K. AU - Stromvik, M. V. AU - Forsberg, C. W. AU - Golovan, S. P. PY - 2009 DA - 2009// TI - Application of iTRAQ to catalogue the skeletal muscle proteome in pigs and assessment of effects of gender and diet dephytinization JO - Proteomics VL - 9 ID - Hakimov2009 ER - TY - JOUR AU - Mach, N. AU - Keuning, E. AU - Kruijt, L. AU - Hortós, M. AU - Arnau, J. AU - Te Pas, M. F. PY - 2010 DA - 2010// TI - Comparative proteomic profiling of 2 muscles from 5 different pure pig breeds using surface-enhanced laser desorption/ionization time-of-flight proteomics technology JO - J Anim Sci VL - 88 ID - Mach2010 ER - TY - JOUR AU - Bouley, J. AU - Meunier, B. AU - Chambon, C. AU - De Smet, S. AU - Hocquette, J. F. AU - Picard, B. PY - 2005 DA - 2005// TI - Proteomic analysis of bovine skeletal muscle hypertrophy JO - Proteomics VL - 5 ID - Bouley2005 ER - TY - JOUR AU - Fraterman, S. AU - Zeiger, U. AU - Khurana, T. S. AU - Rubinstein, N. A. AU - Wilm, M. PY - 2007 DA - 2007// TI - Combination of peptide OFFGEL fractionation and label-free quantitation facilitated proteomics profiling of extraocular muscle JO - Proteomics VL - 7 ID - Fraterman2007 ER - TY - JOUR AU - Fraterman, S. AU - Zeiger, U. AU - Khurana, T. S. AU - Wilm, M. AU - Rubinstein, N. A. PY - 2007 DA - 2007// TI - Quantitative proteomics profiling of sarcomere associated proteins in limb and extraocular muscle allotypes JO - Mol Cell Proteomics VL - 6 ID - Fraterman2007 ER - TY - JOUR AU - Kanski, J. AU - Hong, S. J. AU - Schoneich, C. PY - 2005 DA - 2005// TI - Proteomic analysis of protein nitration in aging skeletal muscle and identification of nitrotyrosine-containing sequences in vivo by nanoelectrospray ionization tandem mass spectrometry JO - J Biol Chem VL - 280 ID - Kanski2005 ER - TY - JOUR AU - Feng, J. AU - Xie, H. AU - Meany, D. L. AU - Thompson, L. V. AU - Arriaga, E. A. AU - Griffin, T. J. PY - 2008 DA - 2008// TI - Quantitative proteomic profiling of muscle type-dependent and age-dependent protein carbonylation in rat skeletal muscle mitochondria JO - J Gerontol A Biol Sci Med Sci VL - 63 ID - Feng2008 ER - TY - JOUR AU - Cieniewski-Bernard, C. AU - Bastide, B. AU - Lefebvre, T. AU - Lemoine, J. AU - Mounier, Y. AU - Michalski, J. C. PY - 2004 DA - 2004// TI - Identification of O-linked N-acetylglucosamine proteins in rat skeletal muscle using two-dimensional gel electrophoresis and mass spectrometry JO - Mol Cell Proteomics VL - 3 ID - Cieniewski-Bernard2004 ER - TY - JOUR AU - O'Connell, K. AU - Doran, P. AU - Gannon, J. AU - Ohlendieck, K. PY - 2008 DA - 2008// TI - Lectin-based proteomic profiling of aged skeletal muscle: decreased pyruvate kinase isozyme M1 exhibits drastically increased levels of N-glycosylation JO - Eur J Cell Biol VL - 87 ID - O'Connell2008 ER - TY - JOUR AU - Hedou, J. AU - Bastide, B. AU - Page, A. AU - Michalski, J. C. AU - Morelle, W. PY - 2009 DA - 2009// TI - Mapping of O-linked β-N-acetylglucosamine modification sites in key contractile proteins of rat skeletal muscle JO - Proteomics VL - 9 ID - Hedou2009 ER - TY - JOUR AU - Gannon, J. AU - Staunton, L. AU - O'Connell, K. AU - Doran, P. AU - Ohlendieck, K. PY - 2008 DA - 2008// TI - Phosphoproteomic analysis of aged skeletal muscle JO - Int J Mol Med VL - 22 ID - Gannon2008 ER - TY - JOUR AU - Hojlund, K. AU - Bowen, B. P. AU - Hwang, H. AU - Flynn, C. R. AU - Madireddy, L. AU - Geetha, T. AU - Langlais, P. AU - Meyer, C. AU - Mandarino, L. J. AU - Yi, Z. PY - 2009 DA - 2009// TI - In vivo phosphoproteome of human skeletal muscle revealed by phosphopeptide enrichment and HPLC-ESI-MS/MS JO - J Proteome Res VL - 8 ID - Hojlund2009 ER - TY - JOUR AU - Doran, P. AU - Gannon, J. AU - O'Connell, K. AU - Ohlendieck, K. PY - 2007 DA - 2007// TI - Proteomic profiling of animal models mimicking skeletal muscle disorders JO - Proteomics Clin Appl VL - 1 ID - Doran2007 ER - TY - JOUR AU - Ohlendieck, K. PY - 2010 DA - 2010// TI - Proteomics of skeletal muscle glycolysis JO - Biochim Biophys Acta VL - 1804 ID - Ohlendieck2010 ER - TY - JOUR AU - Westermeier, R. AU - Marouga, R. PY - 2005 DA - 2005// TI - Protein detection methods in proteomics research JO - Biosci Rep VL - 25 ID - Westermeier2005 ER - TY - JOUR AU - Waggoner, A. PY - 2006 DA - 2006// TI - Fluorescent labels for proteomics and genomics JO - Curr Opin Chem Biol VL - 10 ID - Waggoner2006 ER - TY - JOUR AU - Riederer, B. M. PY - 2008 DA - 2008// TI - Non-covalent and covalent protein labeling in two-dimensional gel electrophoresis JO - J Proteomics VL - 71 ID - Riederer2008 ER - TY - CHAP AU - Sasse, J. AU - Gallagher, S. R. PY - 2009 DA - 2009// TI - Staining proteins in gels BT - Curr Protoc Mol Biol ID - Sasse2009 ER - TY - JOUR AU - Minden, J. S. AU - Dowd, S. R. AU - Meyer, H. E. AU - Stuehler, K. PY - 2009 DA - 2009// TI - Difference gel electrophoresis JO - Electrophoresis VL - 30 ID - Minden2009 ER - TY - JOUR AU - Marouga, R. AU - David, S. AU - Hawkins, E. PY - 2005 DA - 2005// TI - The development of the DIGE system: 2D fluorescence difference gel analysis technology JO - Anal Bioanal Chem VL - 382 ID - Marouga2005 ER - TY - JOUR AU - Unlu, M. AU - Morgan, M. E. AU - Minden, J. S. PY - 1997 DA - 1997// TI - Difference gel electrophoresis: a single gel method for detecting changes in protein extracts JO - Electrophoresis VL - 18 ID - Unlu1997 ER - TY - JOUR AU - Tonge, R. AU - Shaw, J. AU - Middleton, B. AU - Rowlinson, R. AU - Rayner, S. AU - Young, J. AU - Pognan, F. AU - Hawkins, E. AU - Currie, I. AU - Davison, M. PY - 2001 DA - 2001// TI - Validation and development of fluorescence two-dimensional differential gel electrophoresis proteomics technology JO - Proteomics VL - 1 ID - Tonge2001 ER - TY - JOUR AU - Van den Bergh, G. AU - Arckens, L. PY - 2004 DA - 2004// TI - Fluorescent two-dimensional difference gel electrophoresis unveils the potential of gel-based proteomics JO - Curr Opin Biotechnol VL - 15 ID - Van den Bergh2004 ER - TY - JOUR AU - Karp, N. A. AU - Lilley, K. S. PY - 2005 DA - 2005// TI - Maximising sensitivity for detecting changes in protein expression: experimental design using minimal CyDyes JO - Proteomics VL - 5 ID - Karp2005 ER - TY - JOUR AU - Corzett, T. H. AU - Fodor, I. K. AU - Choi, M. W. AU - Walsworth, V. L. AU - Chromy, B. A. AU - Turteltaub, K. W. AU - McCutchen-Maloney, S. L. PY - 2006 DA - 2006// TI - Statistical analysis of the experimental variation in the proteomic characterization of human plasma by two-dimensional difference gel electrophoresis JO - J Proteome Res VL - 5 ID - Corzett2006 ER - TY - JOUR AU - Karp, N. A. AU - McCormick, P. S. AU - Russell, M. R. AU - Lilley, K. S. PY - 2007 DA - 2007// TI - Experimental and statistical considerations to avoid false conclusions in proteomics studies using differential in-gel electrophoresis JO - Mol Cell Proteomics VL - 6 ID - Karp2007 ER - TY - JOUR AU - Cordwell, S. J. AU - Nouwens, A. S. AU - Verrills, N. M. AU - Basseal, D. J. AU - Walsh, B. J. PY - 2000 DA - 2000// TI - Subproteomics based upon protein cellular location and relative solubilities in conjunction with composite two-dimensional electrophoresis gels JO - Electrophoresis VL - 21 ID - Cordwell2000 ER - TY - JOUR AU - Zuo, X. AU - Echan, L. AU - Hembach, P. AU - Tang, H. Y. AU - Speicher, K. D. AU - Santoli, D. AU - Speicher, D. W. PY - 2001 DA - 2001// TI - Towards global analysis of mammalian proteomes using sample prefractionation prior to narrow pH range two-dimensional gels and using one-dimensional gels for insoluble and large proteins JO - Electrophoresis VL - 22 ID - Zuo2001 ER - TY - JOUR AU - Elschenbroich, S. AU - Kim, Y. AU - Medin, J. A. AU - Kislinger, T. PY - 2010 DA - 2010// TI - Isolation of cell surface proteins for mass spectrometry-based proteomics JO - Expert Rev Proteomics VL - 7 ID - Elschenbroich2010 ER - TY - JOUR AU - Maughan, D. W. AU - Henkin, J. A. AU - Vigoreaux, J. O. PY - 2005 DA - 2005// TI - Concentrations of glycolytic enzymes and other cytosolic proteins in the diffusible fraction of a vertebrate muscle proteome JO - Mol Cell Proteomics VL - 4 ID - Maughan2005 ER - TY - JOUR AU - Forner, F. AU - Foster, L. J. AU - Campanaro, S. AU - Valle, G. AU - Mann, M. PY - 2006 DA - 2006// TI - Quantitative proteomic comparison of rat mitochondria from muscle, heart, and liver JO - Mol Cell Proteomics VL - 5 ID - Forner2006 ER - TY - JOUR AU - Reifschneider, N. H. AU - Goto, S. AU - Nakamoto, H. AU - Takahashi, R. AU - Sugawa, M. AU - Dencher, N. A. AU - Krause, F. PY - 2006 DA - 2006// TI - Defining the mitochondrial proteomes from five rat organs in a physiologically significant context using 2D blue-native/SDS-PAGE JO - J Proteome Res VL - 5 ID - Reifschneider2006 ER - TY - JOUR AU - Hamelin, M. AU - Sayd, T. AU - Chambon, C. AU - Bouix, J. AU - Bibé, B. AU - Milenkovic, D. AU - Leveziel, H. AU - Georges, M. AU - Clop, A. AU - Marinova, P. AU - Laville, E. PY - 2007 DA - 2007// TI - Differential expression of sarcoplasmic proteins in four heterogeneous ovine skeletal muscles JO - Proteomics VL - 7 ID - Hamelin2007 ER - TY - JOUR AU - Vitorino, R. AU - Ferreira, R. AU - Neuparth, M. AU - Guedes, S. AU - Williams, J. AU - Tomer, K. B. AU - Domingues, P. M. AU - Appell, H. J. AU - Duarte, J. A. AU - Amado, F. M. PY - 2007 DA - 2007// TI - Subcellular proteomics of mice gastrocnemius and soleus muscles JO - Anal Biochem VL - 366 ID - Vitorino2007 ER - TY - JOUR AU - Gannon, J. AU - Doran, P. AU - Kirwan, A. AU - Ohlendieck, K. PY - 2009 DA - 2009// TI - Drastic increase of myosin light chain MLC-2 in senescent skeletal muscle indicates fast-to-slow fibre transition in sarcopenia of old age JO - Eur J Cell Biol VL - 88 ID - Gannon2009 ER - TY - JOUR AU - Lefort, N. AU - Yi, Z. AU - Bowen, B. AU - Glancy, B. AU - De Filippis, E. A. AU - Mapes, R. AU - Hwang, H. AU - Flynn, C. R. AU - Willis, W. T. AU - Civitarese, A. AU - Højlund, K. AU - Mandarino, L. J. PY - 2009 DA - 2009// TI - Proteome profile of functional mitochondria from human skeletal muscle using one-dimensional gel electrophoresis and HPLC-ESI-MS/MS JO - J Proteomics VL - 72 ID - Lefort2009 ER - TY - JOUR AU - O'Connell, K. AU - Ohlendieck, K. PY - 2009 DA - 2009// TI - Proteomic DIGE analysis of the mitochondria-enriched fraction from aged rat skeletal muscle JO - Proteomics VL - 9 ID - O'Connell2009 ER - TY - JOUR AU - Ferreira, R. AU - Vitorino, R. AU - Alves, R. M. AU - Appell, H. J. AU - Powers, S. K. AU - Duarte, J. A. AU - Amado, F. PY - 2010 DA - 2010// TI - Subsarcolemmal and intermyofibrillar mitochondria proteome differences disclose functional specializations in skeletal muscle JO - Proteomics VL - 10 ID - Ferreira2010 ER - TY - JOUR AU - Lewis, C. AU - Ohlendieck, K. PY - 2010 DA - 2010// TI - Mass spectrometric identification of dystrophin isoform Dp427 by on-membrane digestion of sarcolemma from skeletal muscle JO - Anal Biochem VL - 404 ID - Lewis2010 ER - TY - JOUR AU - Ruiz-Romero, C. AU - Blanco, F. J. PY - 2009 DA - 2009// TI - Mitochondrial proteomics and its application in biomedical research JO - Mol Biosyst VL - 5 ID - Ruiz-Romero2009 ER - TY - JOUR AU - Schmidt, O. AU - Pfanner, N. AU - Meisinger, C. PY - 2010 DA - 2010// TI - Mitochondrial protein import: from proteomics to functional mechanisms JO - Nat Rev Mol Cell Biol VL - 11 ID - Schmidt2010 ER - TY - JOUR AU - Chen, X. AU - Li, J. AU - Hou, J. AU - Xie, Z. AU - Yang, F. PY - 2010 DA - 2010// TI - Mammalian mitochondrial proteomics: insights into mitochondrial functions and mitochondria-related diseases JO - Expert Rev Proteomics VL - 7 ID - Chen2010 ER - TY - JOUR AU - Aebersold, R. H. AU - Leavitt, J. AU - Saavedra, R. A. AU - Hood, L. E. AU - Kent, S. B. PY - 1987 DA - 1987// TI - Internal amino acid sequence analysis of proteins separated by one- or two-dimensional gel electrophoresis after in situ protease digestion on nitrocellulose JO - Proc Natl Acad Sci USA VL - 84 ID - Aebersold1987 ER - TY - JOUR AU - Luque-Garcia, J. L. AU - Zhou, G. AU - Sun, T. T. AU - Neubert, T. A. PY - 2006 DA - 2006// TI - Use of nitrocellulose membranes for protein characterization by matrix-assisted laser desorption/ionization mass spectrometry JO - Anal Chem VL - 78 ID - Luque-Garcia2006 ER - TY - JOUR AU - Luque-Garcia, J. L. AU - Zhou, G. AU - Spellman, D. S. AU - Tung-Tien, S. AU - Neubert, T. A. PY - 2008 DA - 2008// TI - Analysis of electroblotted proteins by mass spectrometry: protein identification after Western blotting JO - Mol Cell Proteomics VL - 7 ID - Luque-Garcia2008 ER - TY - JOUR AU - Luque-Garcia, J. L. AU - Neubert, T. A. PY - 2009 DA - 2009// TI - On-membrane tryptic digestion of proteins for mass spectrometry analysis JO - Methods Mol Biol VL - 536 ID - Luque-Garcia2009 ER - TY - JOUR AU - Froemming, G. R. AU - Murray, B. E. AU - Ohlendieck, K. PY - 1999 DA - 1999// TI - Self-aggregation of triadin in the sarcoplasmic reticulum of rabbit skeletal muscle JO - Biochim Biophys Acta VL - 1418 ID - Froemming1999 ER - TY - JOUR AU - Tan, S. AU - Tan, H. T. AU - Chung, M. C. PY - 2008 DA - 2008// TI - Membrane proteins and membrane proteomics JO - Proteomics VL - 8 ID - Tan2008 ER - TY - JOUR AU - Sadowski, P. G. AU - Groen, A. J. AU - Dupree, P. AU - Lilley, K. S. PY - 2008 DA - 2008// TI - Subcellular localization of membrane proteins JO - Proteomics VL - 8 ID - Sadowski2008 ER - TY - JOUR AU - Zheng, Y. Z. AU - Foster, L. J. PY - 2009 DA - 2009// TI - Biochemical and proteomic approaches for the study of membrane microdomains JO - J Proteomics VL - 72 ID - Zheng2009 ER - TY - JOUR AU - Donoghue, P. AU - Staunton, L. AU - Mullen, E. AU - Manning, G. AU - Ohlendieck, K. PY - 2010 DA - 2010// TI - DIGE analysis of rat skeletal muscle proteins using nonionic detergent phase extraction of young adult versus aged gastrocnemius tissue JO - J Proteomics VL - 73 ID - Donoghue2010 ER - TY - JOUR AU - Foster, L. J. AU - Rudich, A. AU - Talior, I. AU - Patel, N. AU - Huang, X. AU - Furtado, L. M. AU - Bilan, P. J. AU - Mann, M. AU - Klip, A. PY - 2006 DA - 2006// TI - Insulin-dependent interactions of proteins with GLUT4 revealed through stable isotope labeling by amino acids in cell culture (SILAC) JO - J Proteome Res VL - 5 ID - Foster2006 ER - TY - JOUR AU - Meany, D. L. AU - Xie, H. AU - Thompson, L. V. AU - Arriaga, E. A. AU - Griffin, T. J. PY - 2007 DA - 2007// TI - Identification of carbonylated proteins from enriched rat skeletal muscle mitochondria using affinity chromatography-stable isotope labeling and tandem mass spectrometry JO - Proteomics VL - 7 ID - Meany2007 ER - TY - JOUR AU - Toigo, M. AU - Donohoe, S. AU - Sperrazzo, G. AU - Jarrold, B. AU - Wang, F. AU - Hinkle, R. AU - Dolan, E. AU - Isfort, R. J. AU - Aebersold, R. PY - 2005 DA - 2005// TI - ICAT-MS-MS time course analysis of atrophying mouse skeletal muscle cytosolic subproteome JO - Mol Biosyst VL - 1 ID - Toigo2005 ER - TY - JOUR AU - Kislinger, T. AU - Gramolini, A. O. AU - Pan, Y. AU - Rahman, K. AU - MacLennan, D. H. AU - Emili, A. PY - 2005 DA - 2005// TI - Proteome dynamics during C2C12 myoblast differentiation JO - Mol Cell Proteomics VL - 4 ID - Kislinger2005 ER - TY - JOUR AU - Elschenbroich, S. AU - Ignatchenko, V. AU - Sharma, P. AU - Schmitt-Ulms, G. AU - Gramolini, A. O. AU - Kislinger, T. PY - 2009 DA - 2009// TI - Peptide separations by on-line MudPIT compared to isoelectric focusing in an off-gel format: application to a membrane-enriched fraction from C2C12 mouse skeletal muscle cells JO - J Proteome Res VL - 8 ID - Elschenbroich2009 ER - TY - JOUR AU - Brewis, I. A. AU - Brennan, P. PY - 2010 DA - 2010// TI - Proteomics technologies for the global identification and quantification of proteins JO - Adv Protein Chem Struct Biol VL - 80 ID - Brewis2010 ER - TY - JOUR AU - Gilmore, J. M. AU - Washburn, M. P. PY - 2010 DA - 2010// TI - Advances in shotgun proteomics and the analysis of membrane proteomes JO - J Proteomics VL - 73 ID - Gilmore2010 ER - TY - JOUR AU - Zhu, W. AU - Smith, J. W. AU - Huang, C. M. PY - 2010 DA - 2010// TI - Mass spectrometry-based label-free quantitative proteomics JO - J Biomed Biotechnol VL - 2010 ID - Zhu2010 ER - TY - JOUR AU - Podwojski, K. AU - Eisenacher, M. AU - Kohl, M. AU - Turewicz, M. AU - Meyer, H. E. AU - Rahnenfuhrer, J. AU - Stephan, C. PY - 2010 DA - 2010// TI - Peek a peak: a glance at statistics for quantitative label-free proteomics JO - Expert Rev Proteomics VL - 7 ID - Podwojski2010 ER - TY - JOUR AU - Keshishian, H. AU - Addona, T. AU - Burgess, M. AU - Kuhn, E. AU - Carr, S. A. PY - 2007 DA - 2007// TI - Quantitative, multiplexed assays for low abundance proteins in plasma by targeted mass spectrometry and stable isotope dilution JO - Mol Cell Proteomics VL - 6 ID - Keshishian2007 ER - TY - JOUR AU - Carr, S. A. AU - Anderson, L. PY - 2008 DA - 2008// TI - Protein quantitation through targeted mass spectrometry: the way out of biomarker purgatory? JO - Clin Chem VL - 54 ID - Carr2008 ER - TY - JOUR AU - Gerszten, R. E. AU - Carr, S. A. AU - Sabatine, M. PY - 2010 DA - 2010// TI - Integration of proteomic-based tools for improved biomarkers of myocardial injury JO - Clin Chem VL - 56 ID - Gerszten2010 ER - TY - JOUR AU - Nagaraj, N. AU - Lu, A. AU - Mann, M. AU - Wisniewski, J. R. PY - 2008 DA - 2008// TI - Detergent-based but gel-free method allows identification of several hundred membrane proteins in single LC-MS runs JO - J Proteome Res VL - 7 ID - Nagaraj2008 ER - TY - JOUR AU - Wisniewski, J. R. AU - Zougman, A. AU - Nagaraj, N. AU - Mann, M. PY - 2009 DA - 2009// TI - Universal sample preparation method for proteome analysis JO - Nat Methods VL - 6 ID - Wisniewski2009 ER - TY - JOUR AU - Yi, Z. AU - Bowen, B. P. AU - Hwang, H. AU - Jenkinson, C. P. AU - Coletta, D. K. AU - Lefort, N. AU - Bajaj, M. AU - Kashyap, S. AU - Berria, R. AU - De Filippis, E. A. AU - Mandarino, L. J. PY - 2008 DA - 2008// TI - Global relationship between the proteome and transcriptome of human skeletal muscle JO - J Proteome Res VL - 7 ID - Yi2008 ER -